更には、地球も太陽も、宇宙の真ん中ではなかったのだ。しかし、この時代の人間は、『天動説を信じていた（間違った事実を、真実だと勘違いしていた）』のである。ウィスコンシン大学マディソン校教授の、進化発生生物学（エボデボ）分野のスーパースターこと、ショーン・B・キャロルは、著書、『シマウマの縞、蝶の模様』で、こう書いている。

エボデボと進化論──創造主論の対決

『ある問題に納得しているならば、そちらの肩をもつか、いっさい手を引くかである。』byゲーテ

ダーウィンは、『種の起源』を出版してからその第二版を出すまでの短い間に、巻末の有名な一文に『創造主によって』という言葉を書き加え、『創造主によって数種類あるいは一種類に吹き込まれたことに端を発し』と書き換えた。しかしのちに、盟友である植物学者J・Dフッカーに宛てた手紙でそうしたことを悔いている。（中略）大多数の科学者と広範な宗教各派は、そのような和解を見出だしている。たとえば前ローマ教皇ヨハネ・パウロ二世は1996年に、人の身体は自然の過程によって進化したことを認めるというカトリック教会の立場を確認した。

教皇はさらに言葉を重ね、進化に関しては大量の証拠が積み重ねられた結果、『仮説に留まらない』ほどになっているとの声明を発表した。科学の進展を取り入れるのろさでは歴史的に定評のある世界最大のキリスト教宗派のトップである教皇がこのような生命を発表したことで、進化論受容をめぐる長い闘争がついに転換点を迎えても良かった。しかし、聖書を字句通りに解釈する原理主義者たちは、依然として進化学に公然と異を唱え、公立学校での進化論教育阻止を目指した法制化に邁進している。

（中略）神学と科学との関係に関心をもっているジョン・テンプルトン財団の理事長チャールズ・ハーパーが、最近になって科学誌『ネイチャー』に寄稿した。『科学の知見が増大しつつある時代にあって、科学知識の”欠落”に根差した宗教への肩入れは、そうした欠落が埋まればおのずと萎んでゆくだろう。現在は進化学に戦いを挑んでいるキリスト教徒たちも、やがては進化学に本気で向き合わねばならなくなる』と発言したのだ。ハーパーの意見は正しい。胚や遺伝子、ゲノムに関する理解がかつてないほど深まり、化石もどんどん見つかっている中にあって、そうした欠落は急速に消失しつつある。

そうした欠落に対する誤った信念の一例を示そう。生化学者のマイケル・ベーエが1996年に出版した『ダーウィンのブラックボックス──生化学から進化論への反論』で披露されている誤解である。博士号をもつ科学者ベーエが書いた本を、創造論主たちは神の贈り物として歓迎した。しかし、生きている細胞は分解できないほど複雑な実態であるというベーエの主張は空疎である。ベーエは、生物学は複雑な現象を分子の過程に還元しようとして壁にぶち当たると言い続けてきた。ベーエは、生命科学の革命によってその悲観的預言が抹殺されてしまった多くの預言者たちの同類である。

スワスモワカレッジの生物学者で有名な発生生物の教科書の著書にして発生学史と進化生物学史にも造詣が深いスコット・ギルバートが、ベーエの立場とその論拠の破たんを次のように要約している。『創造論者に言わせれば、進化学と遺伝学を総合しても、魚が両生類になり、爬虫類が哺乳類になり、霊長類が人類になったことは説明できないという。……ベーエは、新しい分類群の創造を遺伝学では説明できないことを『ダーウィンのブラックボックス』と呼んでいる。そのボックスを開ければ、神が存在する証拠が見つかるとベーエは信じているのだ。しかし、ダーウィンのブラックボックスの中には、単に別のタイプの遺伝学である発生遺伝学が入っているにすぎない。』